반덤핑 분야에서는 크게 보아 반덤핑 조치의 남용을 방지하기 위해 협정의 실질적 개정을 통해 규정을 강화해야 한다는 입장(반덤핑 프렌즈)과 현행 협정의 기본 틀 유지를 선호하며 절차적 문제 이외에 협정의 실질적 개정에는 소극적인 입장(미국)이 대립 중이다. 2007년 11월 의장문서 제출 이후 특히 쟁점이 되고 있는 사안은 제로잉(zeroing) 문제로 동 의장문서가 제로잉 관행을 허용하는 내용을 담고 있어 반덤핑 프렌즈가 크게 반발 하고 있다.
※ 제로잉 : 반덤핑 마진 계산시 (-)의 마진을 ‘0’ 으로 계산하여 결과적으로 평균마진율을 높이게 되는 방식
일반보조금 분야는 회원국간 첨예한 대립이 없고 협상 주도 그룹도 없어 논의가 침체된 상황이며, 주로 보조금의 정의, 특정성, 심각한 손상 등 현행 협정 상 불명확한 부분에 초점을 맞춰 이를 명확하게 하는 협상이 진행되어 왔다.
수산보조금 분야에서는 규율방식과 관련하여 수산보조금을 원칙적으로 금지하자는 포괄적 금지방식(미국, 뉴질랜드, 호주, 칠레 등 주장)과 개별 보조금이 자원에 미치는 영향을 검토하여 금지하자는 개별적 금지방식(우리나라, 일본, 대만 등 주장)간 대립이 지속되었으나 2007월 11월 제출된 의장문서는 후자를 채택하였다. 이후에는 수산보조금 금지 범위에 대한 논의를 중심으로 협상이 진행되고 있는바, 주요 수산국들은 의장 개정안 초안의 금지범위가 적절한 수준이라며 긍정적인 입장인 반면, 우리, 일본, 대만은 금지보조금의 범위가 지나치게 넓다고 주장하고 있다.
지역협정 분야는 구체적인 기준(실체적 요건)보다는 투명성 증진 (절차적 요건) 방안에 치중하여 협상이 진행되어 왔으며, 2006년 12월 지역협정 투명성 잠정규정이 일반이사회에서 채택되어 발효 중 이다.
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